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崇尚实用主义的开明知识分子,因崇尚西洋学说,信奉天主教而遭逮捕并被发配黑山岛。一开始他失意,孤独,苦闷,但海洋生物激起了他的好奇心。他对于朱学禁锢下的国家统治失望,决定不研究善变,难懂的人类,转而研究通透,明净的事物。于是,他观察,记录各种鱼类,贝类,藻类等,完成了鸿篇巨制《兹山鱼谱》。

黑山岛的渔民,出身微贱,本是贵族家的庶出子弟,不被生父承认。他喜欢读书,一心向往成为两班贵族,试图靠背诵儒学典籍等待出头时机。因为他自幼捕鱼,对鱼的知识极其丰富,所以丁若铨教他读《论语》,他助丁若铨写鱼谱。

黑山岛上的寡妇,从遥远的可居岛嫁到这里,最后只剩下孤家寡人。她勤劳善良,提供丁若铨吃和住,无微不至地照料他,最后还嫁给了他。

黑山岛的海女,昌大的青梅竹马,举止粗野,性格刚毅,勇敢,泼辣。虽然常常与昌大吵嘴,但实际上两人互生爱意,后来有情人终成眷属。

黑山岛驻守别将,不学无术,趋炎附势,见风使舵,为了征收税赋贡品不择手段,甚至连死去三年的人都要交税。他一直盼着丁若铨能帮他向上级说好话使他调离贫穷的黑山岛。